Arboriculture & Urban Forestry 35(1): January 2009 Sambuelli, L., L.V. Socco, A. Godio, G. Nicolotti, and R. Martinis. 2003. Ultrasonic, electric and radar measurements for living tree assess- ment. Journal of Earth Sciences 44:253–279. Stalpers, J.A. 1978. Identification of wood-inhabiting Aphyllophorales in pure culture. Studies in Mycology 16: 248 pp. Thompson, J.D., D.G. Higgins, and T.J. Gibson. 1994. CLUSTALW: Improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, positions-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Research 22:4673–4680. Tomikawa, Y., Y. Iwase, K. Arita, and H. Yamada. 1990. Nondestructive inspection of wooden poles using ultrasonic computed tomography. IEEE Transaction on UFFC 33:354–358. Wagner, T., and M. Fischer. 2001. Natural groups and a revised system for the European poroid Hymenochaetales ( Basidiomycota ) supported by nLSU rDNA sequence data. Mycological Research 105:773–782. ———. 2002. Proceedings towards a natural classification of the world- wide taxa Phellinus s.l. and Inonotus s.l., and phylogenetic relation- ships of allied genera. Mycologia 94:998–1016. White, T.J., T.D. Bruns, S. Lee, and J.W. Taylor. 1990. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylo genetics, pp. 315–322. In: Innis, M.A., D.H. Gelfand, J.J. Sninsky, and T.J. White (Eds.). PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications. Academic Press, San Diego, CA. Giovanni Nicolotti (corresponding author) University of Torino–DIVAPRA Via Leonardo da Vinci 44 Grugliasco 10095, Italy
[email protected] Paolo Gonthier University of Torino–DIVAPRA Via Leonardo da Vinci 44 Grugliasco 10095, Italy Fabio Guglielmo University of Torino–DIVAPRA Via Leonardo da Vinci 44 Grugliasco 10095, Italy Matteo M. Garbelotto University of California–ESPM Berkeley, CA 94720, U.S. Résumé. La détection et l’identification des champignons de carie des racines sur les arbres debout est cruciale pour la prédiction de la sévérité et l’évolution de la carie. Dans le cas de champignons de racines et de souche vraiment actifs, une méthode d’identification hâtive est importante afin d’établir la classification la plus appropriée des risques de bris. Ce travail vise à revoir les méthodes biomoléculaires récemment dévelop- pées pour identifier directement dans le bois certains des plus communs et importants champignons de carie. La méthode est basée sur l’utilisation de taxons spécifiques élémentaires combi- nés à cinq multiplexes de réaction de chaîne de polymérase. Trois multiplexes de réaction de chaîne de polymérase ont 19 permis d’identifier Armillaria , Ganoderma , Hericium , Inon- otus , Laetiporus sulphureus , Perenniporia fraxinea , Phellinus , Pleur otus , Schizophyllum , Stereum , Trametes et Ustulina de usta . Les deux multiplexes restants ont été développés pour l’identification du sous-genre de champignon appartenant à Gan- oderma , Inonotus et Phellinus . Lors d’essais de validation, les multiplexes de réaction de chaîne de polymérase ont permis de détecter avec succès les champignons dans 83% des échantil- lons de bois recueillis auprès d’arbres affectés par la carie. De ce fait, cette méthode s’est avérée être efficace et spécifique pour le diagnostic et la détection hâtive des champignons de carie sur les arbres debout. Zusammenfassung. Die Erkennung und Identifizierung von holzzerstörenden Pilzen in stehenden Bäumen ist wichtig für die Vorhersage der Schwere des Befalls und der Entwicklung der Fäule. Im Fall von sehr aktiver Wurzel- und Stammfußfäule durch Pilze ist eine frühe Identifikationsmethode wichtig, um eine angemess- ene Risikobewertung vorzunehmen. Diese Arbeit zielt darauf ab, kürzlich entwickelte biomolekulare Methoden zur direkten Bestimmung von einigen wichtigen und weit verbreiteten holzz- erstörenden Pilzen im Holz zu vergleichen. Die ganze Methode beruht auf der Verwendung von artspezifischen Haftgrund in Kombination mit 5 Multiplex-Polymerase-Kettenreaktionen (PCRs). Drei Multiplex-PCRs können Armillaria , Ganoderma , Hericium , Inonotus , Laetiporus sulphureus , Perenniporia frax- inea , Phellinus , Pleurotus , Schizophyllum , Stereum , Trametes , und Ustulina deusta identifizieren. Die anderen beiden Multiplex- PCRs wurden entwickelt für die Identifikation von Untergattungen der Gattungen Ganoderma , Inonotus, und Phellinus . In einer Validationsprobe zeigten sich die Multiplex-PCRs in 83% der untersuchten Holzproben von infizierten Bäumen als erfolgreich. Daher sind die Methoden als effizient erwiesen und spezifisch für die Diagnose und frühzeitige Bestimmung von fäuleerregenden Pilzen in Bäumen. Resumen. La detección e identificación del hongo descom- ponedor de raíces en los árboles es crucial para la predicción de la severidad y evolución del decaimiento. En el caso de un hongo muy activo, un método de identificación temprana es impor- tante para establecer la clasificación más apropiada del riesgo de falla. Este trabajo está apuntando a la revisión de los méto- dos biomeoleculares recientemente desarrollados para identifi- car, directamente de la madera, algunos de los más importantes y dispersos hongos descomponedores. El método está basado en el uso de un taxón específico combinado en cinco reacciones en cadena de polímeros múltiples (PCRs). Tres PCRs múltiples per- mitieron identificar Armillaria , Ganoderma , Hericium , Inonotus , Laetiporus sulphureus , Perenniporia fraxinea , Phellinus , Pleurotus , Schizophyllum , Stereum , Trametes , y Ustulina deusta . Dos PCRs remanentes fueron desarrollados para identificación subgenérica de hongos pertenecientes a Ganoderma , Inonotus, y Phellinus . En ensayos de validación, los PCRe permitieron detectar exitosamente hongos en 83% de muestras de madera colectadas de árboles en decaimiento. Por tanto, los métodos pro- baron ser eficientes y específicos para el diagnóstico y detección temprana de hongos de decaimiento en árboles establecidos. ©2009 International Society of Arboriculture
January 2009
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